1938年5月，在延安抗大学习，1939年在陕北青年教导队入党，同年5月底，到120师359旅718团任青年干事。1940年8月，任团组织干事，并兼任团直属机关党支部书记。1942年1月到1944年3月，任3营10连教导员、9连（青年文化连）指导员、团教导队指导员。司汉民同志作为营级干部，负责教育管理青年干部。359旅的各级指战员中，有一大部分是司汉民同志曾经培养教育过的。

1941年4月，司汉民所在的359旅718团喊着“一把锄头一支枪，生产自给保卫党中央”的口号，高唱着“英雄气概三冬暖，战士哪怕风雪寒。转战华北敌丧胆，万里长征只等闲。毛主席在延安一声召唤，九旅挺进南泥湾。要和深山老林决一战，要使陕北出江南”的豪迈战歌，浩浩荡荡地开进了南泥湾，艰苦奋战，把南泥湾变成了陕北的江南。

1943年7月，毛主席亲自来到南泥湾视察，将士们深受鼓舞。毛主席说：“我们的军队，既不要国民党政府发饷，也不要边区政府发饷，还不要老百姓发饷，完全由军队自己供给，这一创举对我们的民族解放事业该有多么重大的意义啊！”
1944年，根据党中央决定，359旅从延安出发。司汉民同志所部经历了两万多里的南下转战，他亲历了被毛主席称为二次长征的我军南下全过程。他所在的团是由干部和党员组成（类似长征中的干部团），经常担任先锋，他所在的连号称“模范连”。他作为指导员更是冲锋在前，他文武双全，既英勇顽强不怕牺牲，又谋略过人，常常出奇制胜，是王震、王恩茂的得力爱将。
1944年10月，359旅南下部队与新四军五师等共同组成了以李先念为司令员、王震为副司令员的中原军区序列。“双十协议”墨迹未干，国民党军就向我中原大举进攻。我军被迫还击，一举解放了桐柏、枣阳，完全占领了桐柏山区。

12月12日，敌军占领祁仪。359旅攻打祁仪前线。司汉民的连队又是担任主攻，他们攻击祁仪镇东边的一个小村。这个据点，驻扎了敌一个团的兵力。激战中，5班长刘福廷连续爆破敌人的碉堡，在第二个碉堡被炸毁时，刘班长中弹，身负重伤，动弹不得。这个时候司汉民同志毫不犹豫，顶着炮火的扫射，冒着随时都有可能牺牲的危险，冲向刘班长。由于刘班长负伤较重，司汉民同志只能拖着他艰难地爬行。突然，轰隆一声，像山崩地裂，司汉民同志顿觉眼前一片火光，金花缭乱，大地全红了，身上脸上一阵剧痛。似被飓风抬起，又像被沉重的大棍猛击，司汉民同志失去了知觉，之后便失明了。

1946年1月，司汉民同志在大洪山根据地养伤期间，为了打破敌人封锁，司汉民同志发扬359旅南泥湾垦荒的优传统和作风，组织发动伤员们生产自救。王恩茂政委写信鼓励他、安慰他，并祝他早日康复。4月16日，司汉民同志还高兴地接到了王震司令员的来信：

亲爱的司汉民同志：

此致

                                                                          王震

                                                                  1946年4月8日

在全国总工会成立大会上，司汉民和林彪，李立三等同志共同发言。

司汉民同志是我军新型荣军制度的建立者和实践者。他用南泥湾精神，在很短的时间内，把军人疗养伤病的荣誉军人学校，原由政府负担的机关单位，变成了将荣誉军人组织起来学习生产、增加军民联合、对社会和人民有益奉献的新型建设组织。